Dne 15. března 1939 obsadily Frenštát motorizované jednotky německé armády. Škola byla obsazena vojskem. Vyučování bylo tentokráte přerušeno až do 12. dubna. Při opětném zahájení vyučování byly shledány ztráty inventáře školy, škody na zámcích u skříní a kanceláři ředitele. Škoda byla odhadnuta na 980 Kč a její soupis odevzdán městskému úřadu k dalšímu šetření.
Dne 1. července 1939 byl dán do výslužby správce živnostenské školy Ludvík Břežný, který se vzdal dalšího působení a dal školnímu výboru výpověď. Novým ředitelem byl jmenován k 1. září 1939 bývalý poručík pěchoty Viktor Cibien. Ve funkci ale působil krátce, od 1. února 1940 byl ustanoven ředitelem školy Tomáš Zicha, který byl do Frenštátu přeložen z Hradce Králové.
Dne 25. srpna 1940 proběhl zápis. Ministerstvo školství povolilo zřídit odbornou školu pro zámečníky z části odborné školy kovodělné, odbornou školu pro dámské krejčové z části odborné školy oděvní, rozšířen byl obvod odborné školy truhlářské. Na školu kovodělnou a zámečnickou se přihlásilo celkem 85 žáků, na truhlářskou 41, na oděvní (s dámskými krejčovými) 74 žáků, na všeobecnou školu se přihlásilo 48 žáků. Celkem bylo 250 žáků ve 14 třídách.
Dne 9. září 1940 se konala zahajovací porada v kreslírně chlapecké školy. Velkou změnou bylo zavedení celodenního vyučování. Scházela ale ještě jedna místnost a 4 dny v týdnu pro 1 třídu dámských krejčových, 1 třídu všeobecné školy a I. i II. třídu obuvníků. Do učitelského sboru přibylo šest nových kolegů: Karel Chovanec, řídící učitel obecné školy dívčí, František Kolář, úředník MSE, Bartoloměj Plodzieň, úředník MSE; František Pustějovský, malíř pokojů; František Šrubař, lakýrník a malíř písma; Jaroslav Štochl, profesor kreslení reálného gymnázia.
Na poradě 20. 11. 1940 bylo zkonstatováno, že získané 2 místnosti nestačí pro zavedení celodenního vyučování. Zkušenosti ale byly pozitivní; docházka učňů a učnic se neobyčejně zlepšila, práce učitelů a žáků byla snadnější a účelnější. Stravování dojíždějících učňů bylo zprvu prováděno v restauraci Nový Svět, v listopadu 1940 převzala stravování Národní pomoc a Okresní péče o mládež.
V únoru 1941 byly vystěhovány učebny z místnosti loutkového divadla, které truhlářští učni upravili pro T. J. Orel. Bylo rovněž zastaveno samostatné stravování učňů pro nedostatek finančních prostředků. Neosvědčilo se ani společné stravování učňů v chlapecké škole s ostatními dětmi.
Zápis byl ohlášen na sobotu 24. 8. a neděli 25. 8. 1941. K zápisu měli jít učni těchto živností: zámečníci, truhláři, dámské krejčové, obchodníci, pánští krejčí, obuvníci a mlynáři, kteří se rekrutovali ze všech politických obcí okresů Moravská Ostrava, Frýdek – Místek, Valašské Meziříčí a Vsetín. Výsledky byly následující: Škola A. kovodělná zámečnická 60 žáků, B. dřevodělná truhlářská 61 žáků, C. oděvní obuvnická 33 žáků, D. oděvní (mužská krejčová) 53 žáků, E. oděvní (dámská krejčová) 42 žáků, F. všeobecná společně s mlynářskými učni – celkem 18 žáků, G. škola obchodní 34 žáků.
Zahajovací porada učitelského sboru konaná školního roku 1941/ 42 se konala ve středu 3. září 1941 v kreslírně chlapecké školy o 17. hodině odpolední. Ředitel Tomáš Zicha informoval o nutnosti zodbornit školu. Zaniknout měla určitá oddělení i odborné třídy a skupiny žáků, některé školy získají vyšší počet dojíždějících žáků. Umístění živnostenských škol bylo dalším problémem rozřešeným takřka na poslední chvíli. Těsně před počátkem školního roku byly uvolněny učebny v sokolovně. Novinkou bylo zkrácení vyučovacích hodin na 50 minut, vyučování začínalo v 8: 30 hod. a končit mělo v 16: 30 hod.
Na školu záhy dopadly brutální metody nacistické policie. Již 1. září 1939 byl vzat do ochranné vazby v rámci akce Albrech der Erste učitel Vilém Hurt, místo něhož nastoupil Karel Rusek. Vilém Hurt se už na školu nevrátil. Byl vězněn nejprve v Ostravě ve Spitzerově továrně a pak ve věznici krajského soudu. Na přelomu roku 1939/ 40 byl převezen do Vídně a počátkem ledna 1940 do koncentračního tábora v Oranienburgu-Sachsenhausenu, kde 13. července 1942 zemřel. Dne 16. 9. 1940 byl vzat do vazby učitel - praktik Bartoloměj Plodzieň. Vrátil se 14. 10. 1940, kdy byl vzat do vazby bývalý ředitel školy Viktor Cibien, člen Obrany národa. Dne 24. 9. 1942 byl rozsudkem Volksgerichtshofu v Berlíně odsouzen k smrti pro nepřátelské chování k říši a ke ztrátě občanských práv. Po celou dobu byl vězněn ve Wohlau u Breslau (Wroclaw), kde zemřel 26. 12. 1942 před exekucí, která byla stanovena na 4. 1. 1943.
Další úder pocítila škola 8. 4. 1941, kdy byl německou policií zatčen Karel Zátopek, učitel - praktik, v hlavním povolání kantor závodů Tatra Kopřivnice, který na škole působil od roku 1934. Podle neověřených údajů měl doma ukrytý kulomet. Spolu s Viktorem Cibienem byl 24. 9. 1942 odsouzen k trestu smrti a 4. 1. 1943 popraven.
Koncentračním táborem prošel také Artur Michna, který po zatčení Cibiena nastoupil na jeho místo, ale na základě výnosu ministerstva školství o zákazu přijímání učitelských sil byl školním výborem propuštěn. Byl pak totálně nasazen u firmy AEG jako úředník. V roce 1943 byl pro vlasteneckou činnost zatčen gestapem a po devítiměsíčním věznění v pracovním táboře Gross Beeren a vyšetřovací vazbě v Alt Boabitu byl pro nedostatek důkazů propuštěn.
Persekuce se nevyhnula ani žactvu. Jako politicky nespolehlivý byl 5. září 1943 zatčen Emil Lichnovský (* 25. 3. 1926 ve Vlčovicích), který se učil zámečníkem. Emilův bratr Josef byl dva dny před jeho zatčením popraven u trati v Lískovci v odvetu za vyhození nákladního vlaku. Emil Lichnovský pak prošel tábory ve Svatobořicích, Lutíně a Mezihoří u Tišnova. Do Frenštátu se vrátil 22. 4. 1945.
V průběhu okupace škola prožívala běžné strasti typické pro dusné protektorátní ovzduší. Např. dne 20. 4. 1941 bylo vzpomenuto slavnostním způsobem narozenin Vůdce a říšského kancléře Adolfa Hitlera. Ve třídách AI. a AII.b pronesl ředitel školy Tomáš Zicha projev v přítomnosti vyučujícího. Učitelé si museli opatřovat na okresním úřadě osvědčení o nežidovském původu. Na sklonku 1941 se utužovala opatření k vytvoření a podporování “nového postoje a ducha výchovy”: učebny byly vyzdobeny obrazy Vůdce A. Hitlera a státního prezidenta E. Háchy. Do učitelské a žákovské knihovny byla postupně zakupována díla na základě výnosu protektorátního ministerstva školství a národní osvěty. Žactvo mělo být vedeno ke čtení “hodnotných spisů místo literárního braku”, učitelé četli zvláště měsíčník “Böhmen und Mähren”. V hodinách německého jazyka zařadili učitelé z vlastní iniciativy určitá témata tzv. loajální výchovy, česky byla táž témata probírána i v jiných předmětech.
Mimořádná porada 22. června 1942 byla zahájena projevem ředitele, který odsoudil pachatele “podlého zločinného atentátu” na Reinharda Heydricha. Učitelský sbor podepisoval kondolenční listiny na městském úřadě, aby vyslovil svůj “hluboký smutek nad ztrátou, která postihla Říši i český národ, neboť pan zastupující říšský protektor byl vzácným přítelem pracujících vrstev, tedy i učňovského dorostu”.
Počítalo se i se zavedením pozdravu zvednutím pravice v úředním styku. Rovněž žactvo mělo být ve smyslu přípisu p. inspektora poučeno, jak zdravit tímto pozdravem návštěvu ve třídě nebo při přechodu přes tělocvičnu v době, kdy v ní cvičí Hitlerjugend nebo wermacht. Dle usnesení porady 6. září 1942 měl každý učitel zahajovat a končit vyučovací hodinu pozdravem zdvižení pravice, rovněž při úředním styku se měli učitelé zdravit navzájem árijským pozdravem a žactvu bylo doporučeno, aby na veřejnosti zdravili členy sboru zdviženou pravicí.
To však byly idealistické požadavky, ředitel T. Zicha musel počátkem roku 1943 nabádat učitele, aby na společenskou výchovu a na pozdrav kladli větší důraz. Řídící učitel Dyba, vyučující němčinu, pak přímo demonstroval, že při výchově mládeže byla tato okolnost velmi zanedbávána.
Mezními daty školního roku, kdy se musela projevovat povinná loajalita, byl 20. duben (narozeniny Vůdce), 4. červen (výročí úmrtí zastupujícího říšského protektora R. Heydricha), a 12. červenec (narozeniny státního prezidenta E. Háchy).
Ve školním roce 1942/ 43 se zapsalo celkem 317 žáků. Počet zapsaných žáků nebyl zdaleka úplný, neboť přistupovali i noví žáci přeškolení nově do živnostenských škol ve Frenštátě odjinud a omlouvali se dodatečným přidělením úřadu práce. Na poradě 12. října 1942 bylo tudíž konstatováno, že na škole je celkem 22 tříd a 396 žáků. Pro dojíždějící žáky bylo opět nutno opatřit stravování a noclehy.
Zápis do školního roku 1943/ 44 proběhl 31. 8. 1943, ale zdaleka nebyl úplný, značný počet míst byl obsazen během září až listopadu. Předběžně se počítalo se zřízením 27 tříd, které měly mít nové označení: A zámečníci, B truhláři, C obuvníci, Cř řemenáři, D pánští krejčí, E dámské krejčové, V mlynáři a G obchodníci. Celkový stav žáků k 1. 9. 1943 činil 418 žáků.
Ve dnech 3. – 10. července 1943 se konaly “učňovské dny” za účasti UŠ Holešov a Moravská Ostrava ve spolupráci s Okresní jednotou a společenstvy truhlářů, zámečníků, instalatérů, krejčích, čalouníků, řemenářů, obuvníků aj. z Frenštátu i Frýdku, byla slavnostně zahájena výstava zkušebních kusů a učňovských prací. Učňovská besídka uspořádala 4. 7. v 10 hod. přespolní běh za účasti besídek Frýdek, Moravská Ostrava, Hranice, Lipník, Vsetín a dalších. Odpoledne byla ukázková hodina povinné služby mládeže na stadionu S. K. Beskyd. Slavnostní akademie besídky se konala v sále budovy Učňovské školy dne 10. 7. 1943. Byly zejména předvedeny národní písně v podání smíšeného pěveckého sboru učňovské besídky za řízení P. Béma a národní moravské tance, jakož i česká a moravská beseda, nacvičil p. Vl. Tichý. Program byl doplněn recitacemi a hudebními čísly velkého jazz orchestru učňovské besídky.
Na jaře 1944 se zdála být existence učňovské školy ohrožena. Školní obvody byly upravovány úřadem zemského presidenta. Od Frenštátu byl odtržen obvod bývalé všeobecné učňovské školy ve Frýdlantě n. O. pro truhláře, obchodníky, pánské a dámské krejčové. Frenštátské učňovské škole tak vznikly nemalé nesnáze. Jedním z hlavních důvodů nepřízně nadřízených úřadů bylo nedostatečné umístění učňovské školy ve Frenštátě, které podle názoru místních činitelů nešlo změnit, potažmo zlepšit. V budoucnu se rovněž muselo počítat s poklesem učňovského dorostu v důsledku malé porodnosti v letech hospodářské krize. Trvání učňovské školy ve Frenštátě tak bylo vážně ohroženo.
Poslední válečný školní rok 1944/ 45 obavy o trvání školy vyvrátil. Stalo se tak ovšem na úkor učňovské školy v Rožnově p. R., která byla zrušena. Její majetek a část žactva převzala frenštátská učňovská škola, v Rožnově měla 633 žáků, celkem 24 tříd a 29 oddělení.
Nepříjemnou okolností, která škole dost ztrpčovala život, bylo zabrání hlavní budovy učňovské školy ve Frenštátě pancéřovými jednotkami wehrmachtu. Ředitelství se sice postaralo o získání náhradních učeben, ale učebním účelům plně nedostačovaly. Vyučování probíhalo v budově kina Lubina čp. 435, v budově čp. 640 (prodejna firmy Polach), v budově čp. 837 (restaurace Střelnice, 2 místnosti) a v budově čp. 1018 (truhlářská dílna p. Krmáška). Také utvoření nových školních obvodů škole neprospělo, protože byly mnohé obce zasazeny do obvodu, který nikterak nevyhovoval po stránce dopravních a spojovacích prostředků. Ředitelství školy bylo v mnoha případech žádáno o úpravu vyučovacích dnů, které nevyhovovaly dojíždějícím učňům.
Postupující fronta na začátku roku 1945 a váznoucí dodávky surovin vedly k tomu, že žáci měli prodloužené zimní prázdniny a pravidelné vyučování nemělo už být na základě oznámení z 21. 1. 1945 zahajováno. Učitelé sice měli za povinnost zdržovat se v místě školy, ale žáci se měli vyučovat domácími úkoly a pouze jednou týdně se měli scházet pro nová zadání.
Během prodloužených prázdnin podalo ředitelství ministerstvu hospodářství a práce návrhy týkající se zřízení učňovského domova a ozdravovny učňovské besídky ve Frenštátě p. R. Při náletech na Frenštát byly v místnosti učňovské školy č. 640 rozbity okenní tabule a poškozena soška ve výkladní skříni. Na základě informací jednotlivých členů sboru bylo zjištěno, že s vyučováním nelze započít z těchto důvodů:
- původní hlavní budova učňovské školy č. 937 je poškozena bombardováním a její oprava bude provedena do 2 měsíců
- učebny v budově chlapeckých škol byly 2. 4. zajištěny pro místní velitelství (Ortskomando) frontového vojska, které se do Frenštátu stahovalo
- okna v č 640 rozbitá bombardováním jsou zabedněna, takže v místnosti není světlo
- náhradní místnosti nelze zajistit
- dopravní potíže vzrůstají
Dne 6. května 1945 byl Frenštát osvobozen jednotkami Rudé armády. Ještě týž den byl zajištěn ve vazbě okresního soudu ve Frenštátě dosavadní předseda školního výboru, nacista a továrník Anton Bujnoschek. Národní výbor jmenoval novým předsedou školního výboru Rudolfa Skřivánka, bývalého starostu a přísedícího Národního soudu.